O filtro biológico constitui o reservatório de água, nós acrescentamos cerca de um quarto do seu volume com bolas de argila. Elas servem como meio de cultura para bactérias que permitem a transformação de insumos naturais (urina, suco de composto, etc.) em nutrientes que podem ser assimilados pelas plantas. Em particular, a transformação da amônia em nitrito e depois em nitrato, essencial para o desenvolvimento das folhas. As bactérias crescem naturalmente após 6 semanas ou podem ser adquiridas em cultura nos sites especializados em hidroponia.
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