Dans la nature, il a été observé que la dégradation de la matière organique en bel humus se fait par une faune et une flore composées de champignons et de bactéries. Ces micro-organismes « effectifs » représentent environ 10% de la population de micro-organismes naturellement présents. Les EM sont un mélange de 80 souches sélectionnées de ces micro-organismes effectifs. Leur utilisation pour le compost permet d’imiter le fonctionnement d’un humus très sain et d’optimiser la bonne dégradation de la matière organique.
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