Con el tiempo, el medio se carga con materia orgánica (espirulina muerta, otras algas, etc.). Para mantener un medio de cultivo saludable, reemplazar ¼ una o dos veces al año:
- Cosechar espirulina sobre un contenedor y no sobre la piscina de cultivo. Así, el medio de cultivo no vuelve a la piscina.
- Rehacer un medio de cultivo como indicado en la parte de 'fase de crecimiento' y añadirlo a la piscina.
- Tirar el antiguo medio de cultivo (sin diluir podemos usarlo como un herbicida, o diluido al 10% enriquece el compost, de lo contrario, ponerlo al desagüe)
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