La spirulina cresce naturalmente nei laghi vulcanici ricchi di sale e bicarbonato di sodio con un pH elevato, vicino a 10. Questi luoghi costituiscono il suo habitat ideale ma non la sua alimentazione: come i pesci, non si nutre di sale marino. Nella coltivazione di spirulina, l'obbiettivo è quello di ricreare il più possibile il suo habitat naturale. Allo stato naturale, la spirulina viene raccolta raramente tranne che dai coltivatori e dai fenicotteri rosa. Nei bacini di coltivazione invece, le raccolte sono molto più abbondanti e si deve nutrire la coltura regolarmente per permettere il suo rinnovo. Nella coltivazione di spirulina è quindi necessario dissociare il mezzo di coltura dall'ambiente di vita e dal cibo:
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