Entre 5 et 50% de la cuve doit être brassé quotidiennement (d'après les prospros). Il est nécessaire de mélanger le contenu des cuves pour uniformiser les bactéries et la température et éviter qu'une croûte bloque le passage du gaz vers le haut (surtout pour des digestions en mode continu). Lorsque le méthanisation fonctionne, les cuves sont remplies de matière organique, elle-même noyée au ¾ dans de l'eau (3/4 d'eau). Attention si il y a trop d'eau, la matière organique risque de remonter. Cette eau (jus) est filtrée puis pompée dans la partie basse du regard puis diffusée ensuite dans les cuves via un circuit de tubes perforées (aspersoirs).
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