Avec le temps le bassin se charge en matière organique (spiruline morte, autres algues...). Pour garder un milieu de culture sain il faut en remplacer ¼ une à deux fois par an :
Récolter la spiruline au-dessus d’un bac et non pas du bassin de culture. Ainsi le milieu de culture ne retourne pas dans le bassin.
Refaire un milieu de culture comme vu dans la partie 'phase de croissance' et l’ajouter au bassin
Se débarrasser de l’ancien milieu de culture (non dilué on peut s’en servir de désherbant, dilué à 10% il enrichit le compost, sinon le mettre à l’égout)
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