Je pense que l'utilisation d'un biofiltre dépend si l'on utilise des intrants chimiques (étant directement sous une forme assimilables par les plantes) ou si l'on utilise de l'urine ou des déjections animales. Par ailleurs, comme le précise le rapport de la FAO sur l'aquaponie, il semble bien que les plantes assimiles plus facilement les nitrates que l'ammoniac: "Plants are able to use both ammonia and nitrates to perform their growth processes, but nitrates are more easily assimilated by their roots."

Il a toute une partie sur le cycle de l'azote p12-13 qui rentre bien dans le détail: <a rel="nofollow" class="external free" href="http://www.fao.org/3/a-i4021e.pdf">http://www.fao.org/3/a-i4021e.pdf</a>